Keturunan
Beliau dilahirkan dalam tahun 1838 di Teluk Belanga, Singapura. Beliau adalah berketurunan Bendahara Paduka Raja Johor dan Bendahara Kerajaan Melaka. Datuknya, Dato’ Abdul Jabar, mempunyai isteri seramal 20 orang. Hanya keturunan cucu Dato’Abdul Jabar iaitu, Dato’ Haji Mohamad bin Tahir yang dapat bertahan di Riau-Lingga.
Di sebelah datuk perempuannya pula, Dato’ Jaafar berketurunan daripada Orang Kaya Semantan, iaitu seorang pembesar daerah Pahang yang penting. Pahang yang merupakan sebahagian daripada negeri taklukan Melaka, merupakan salah sebuah daerah pelarian pembesar pembesar Melayu selepas Melaka dikalahkan oleh Portugis.
Kehidupan Awal
Kemunculan Dato' Ja’afar sebagai orang penting dalam sejarah Johor bermula dengan perlantikan bapa saudaranya, Encik Abdullah bin Tok Muhammad Tahir sebagai ‘menteri’ kepada Temenggung Daing Ibrahim (1810— 1862).
Dato' Ja’afar mulai berkhidmat dengan kerajaan negeri Johor ketika berumur 16 tahun, sebagai Pelatih Kerani di Pejabat Menteri kepada Temenggung Ibrahim. Dalam tahun 1856 beliau telah dilantik sebagai Kerani Besar di Pejabat Menteri. Kemudian beliau dilantik sebagai Penasihat dan Setiausaha Negeri Johor menggantikan bapa saudaranya Encik Abdullah, di bawah pentadbiran Sultan Abu Bakar, pada tahun 1860-an.
Semasa dilantik ke jawatan itu, beliau telah banyak melakukan perubahan dalam pentadbiran Negeri Johor. Antaranya pada 1868, Majlis Mesyuarat Negeri Johor ditubuhkan. Kemudian pada tahun 1873, pelbagai jabatan diwujudkan, antaranya Jabatan Perbendaharaan & Pesuruhjaya Polis.
Pada tahun yang sama, beliau dilantik sebagai Dato' Bentara yang setara jawatannya dengan Menteri Besar kini. Kemudiannya beliau terus memangku jawatan Dato' Menteri sehingga tahun 1882, dan kemudian terus dilantik sebagai Menteri Besar Johor oleh Maharaja Abu Bakar.
Perlantikan Dato' Jaafar bin haji Muhammad sebagai Menteri Besar ini adalah merupakan peristiwa bersejarah bagi negeri Johor, kerana inilah julung-julung kalinya seorang Menteri Besar dilantik dalam pentadbiran kerajaan Johor.
Beliau adalah pengiring Maharaja Abu Bakar dalam lawatan pertamanya ke Eropah pada tahun 1866. Ketika memegang tugas sebagai Menteri Besar, beliau pernah memangku tugas Sultan Johor untuk menjalankan pentadbiran negeri, ketika baginda keluar negeri. Pada tahun 1904 beliau telah dilantik oleh Sultan sebagai Pemangku Raja.
Semasa beliau menjadi Menteri Besar dari tahun 1882 hingga 1919, semua pegawai British yang berkhidmat di Johor diwajibkan memakai pakaian rasmi kerajaan Johor. Bendera Union Jack, iaitu bendera kerajaan British, tidak boleh dikibarkan lebih tinggi daripada bendera negeri Johor. Di samping itu, semua surat-menyurat mestilah ditulis dalam Bahasa Melayu.
Di samping terkenal sebagai seorang Pegawai kerajaan yang setia, cekap, bijak, amanah dan berterus terang beliau juga adalah salah seorang tokoh pentadbir Negeri Johor yang menentang cubaan campurtangan Inggeris di Johor pada tahun 1910.
Beliau menjadi Menteri Besar dan penasihat Sultan Ibrahim. Pada tahun 1909, melalui sepucuk surat, Dato’ Ja’afar telah menasihatkan Sultan Ibrahim supaya tidak memasukkan seorang penasihat British ke dalam pentadbiran Johor. Dato’ Ja’afar bimbang dengan kesan campur tangan British dalam pentadhiran Johor. Beliau disokong oleh Dato’ Ab. Rahman Andak, seorang pembesar Johor, yang lebih lantang daripada Dato’ Ja’afar. Walaupun Dato’ Ja’afar gagal menahan keputusan Sultan Ibrahim, namun, beliau telah bersuara menentang kemasukan British ke Johor. Usianya yang lanjut mengetepikan kepentingan beliau di mata Sultan Ibrahim.
Bagi mengenang jasa dan bakti beliau kepada kemajuan negeri Johor, baginda Sultan Abu Bakar telah menganugerahkan Darjah Seri Paduka Mahkota Johor (SPMJ) kepada beliau. Beliau juga dikurniakan Darjah Ketiga Bintang St. Michael dan St. George oleh Queen Victoria England.
Keluarga
Beliau berkahwin sebanyak lima kali. Beliau dikurniakan 13 orang cahaya mata bersama-sama isteri-isterinya ;
1. Aishah Ibrahim mendapat cahaya mata, Dato’ Mustapha, Aminah, Fatimah.
2. Maimunah mendapat cahaya mata, Khadijah.
3.Emon Abu Talib mendapat cahaya mata, Dato’ Abdullah, Che Dara.
4. Rugayah Hanum Abdullah mendapat cahaya mata, Aishah, Kamariah, Dato’ Onn, Malik, Azizah, Muhammad, Ahmad, Yahya.
5. Selamah Ambak mendapat cahaya mata, Rugayah.
Meninggal Dunia